Frühe Neuzeit

Gegen Ende des Spätmittelalters hatte die Bautätigkeit in St. Pantaleon – wohl auch infolge der sich verschlechternden wirtschaftlichen Lage – nachgelassen. Erst 1503 gab Abt Johannes Lüninck dem Inneren der Klosterkirche mit dem Einbau des spätgotischen Lettners einen neuen Charakter.

Etwa 120 Jahre später, in den 1620er Jahren, beauftragte Abt Heinrich Spichernagel den aus dem Elsass stammenden Baumeister Christoph Wamser mit der Neugestaltung der Kirche. Mittelschiff und Chor erhielten ein Gewölbe, in die Seitenwände des Mittelschiffs wurden hohe Obergadenfenster eingelassen. Der Einbau eines neuen Hochaltars – Vorgänger des jetzigen, spätbarocken Altars – gehörte ebenso zu den von Christoph Wamser ausgeführten Arbeiten wie die Planung der Fenster in der Hauptapsis. Die von Bartel Bruyn d. Ä. entworfenen Farbfenster sind die ältesten und einzig erhaltenen in St. Pantaleon. Während des Zweiten Weltkriegs waren sie ausgebaut worden und damit der Zerstörung entgangen.

Kaum 200 Jahre nach der Aufstellung des Lettners musste dieser den Vorstellungen des Barock weichen, der zu den wichtigsten Merkmalen der Sakralarchitektur die Ausrichtung auf den barocken Hochaltar zählte. Der Lettner wurde indes nicht zerstört – ein Schicksal, das viele Lettner zu dieser Zeit ereilte -, er erhielt vielmehr einen neuen Platz vor dem Triumphbogen des Westwerks, wo er die nächsten 250 Jahre verblieb.

Im Zuge der Neugestaltung des Hochchors ließ Abt Konrad Konchem um 1695 den Boden des Altarraums absenken und die Krypta, in der sich nach wie vor das Grab Erzbischof Brunos befand, mit Schutt verfüllen. In den nächsten Jahren geriet es offenbar in Vergessenheit, bis Abt Eberhard Schallenberg im Zuge des Einbaus eines neuen Hochaltars Mitte des 18. Jh. den Sarg neu entdeckte und öffnen ließ. In einem detaillierten Bericht hielt er Lage und Zustand der Gebeine des Erzbischofs fest. Die Krypta blieb jedoch anschließend weiterhin unzugänglich.

Dennoch fand der Gründer des Klosters auch in der Zeit des Barock angemessene Würdigung in einer Darstellung als Liegefigur im Bischofsornat auf einer schwarzen Tumba, die zusammen mit zwei weiteren Tumben der Kaiserin Theophanu und des Abtes Hermann I. vor dem Hauptaltar aufgestellt waren. Einzig die Tumba Erzbischof Brunos hat die Zerstörungen des Zweiten Weltkriegs überlebt und befindet sich heute an der Nordwand des Hochchores.

Mit der Säkularisation und der Aufhebung des Klosters 1802 endete die 850-jährige Geschichte der Benediktinerabtei St. Pantaleon. Vorübergehend in den 1790er Jahren von den französischen Revolutionstruppen als Pferdestall benutzt, wurde die Klosterkirche zur Zeit Napoleons katholische Pfarrkirche. Erhebliche Verluste an unersetzlichen liturgischen Gegenständen und Büchern in der französischen Zeit gingen mit dem Ende des Klosters einher.